创新研究院由中国科学院城市环境研究所、江西农业大学、江西省地产开发集团有限责任公司和江西省天久地矿建设工程院四家联合组建，注册成立“中科生态修复（江西）创新研究院股份有限公司”，注册地址在南昌经济技术开发区内。
创新研究院为独立的省级科研事业法人机构（无职数、无编制、无级别）、新型研发机构，将与中科生态修复（江西）创新研究院股份有限公司为“一套人马、两块牌子”分别行使事业机构和企业法人公司职能。南昌市人民政府及南昌经济技术开发区提供资金、场地及政策等支持研究院，研究院主要以品牌、人才团队、生态修复项目、科研技术、科研成果及成果转化等方式投入。
创新研究院聚力推进江西省生态文明先行示范区建设战略，充分发挥江西省区位、生态、绿色产业等优势和中科院学科、技术、人才及国际影响力，以江西为主基地、研究院为载体，汇聚世界一流学者和科技领军人才，联动江西省政府机构、高校、科研机构和龙头企业等多元力量，激活和深耕打造江西省生态保护与修复产学研政一体化“事业群”，加快构建生态安全格局，加强绿色生态基础设施建设，提高国土空间生态承载能力。
建院目标：为区域经济发展和环境决策提供战略性和技术性科技支撑，协助地方政府积极探索区域生态环境治理、保护系统解决方案；以提升人才、科研、产业三位一体的创新能力为目标，构建面向产业发展重大需求的协同创新模式和资源共享平台。成为国内有影响力的生态修复创新技术的策源地；成为生态修复创新技术产业化研发基地；成为持续为行业输送复合性、高端人才的培养基地。